Изменение линейной последовательности генов в результате инверсии может быть сопряжено с устойчивым изменением функциональной активности генов, известным с 30-х гг. как эффект положения. Для эффекта положения характерно то, что он проявляется не только по отношению к локусам, находящимся в непосредственной близости от точек разрыва хромосомы, но и к значительно более отдаленным локусам. Кроме того, показано, что не всякий хромосомный разрыв (по локализации) вызывает эффект положения, а в случае двухразрывной перестройки обе точки разрывов имеют значение. Обратимость эффекта положения после восстановления исходной структуры хромосом, впервые установленная С. Гершензоном, хорошо подтвердилась в ряде работ отечественных и зарубежных ученых.

В 70-е годы XX века появились интересные данные о взаимосвязи инверсионных перестроек и гетерохроматина. Параллельный анализ политенных и митотических хромосом у нескольких видов гавайских дрозофил показал, что существует жесткая корреляция между полиморфизмом по инверсиям и перестройкам гетерохроматиновых районов. У D. disjuncta (имеющей пять пар акроцентрических хромосом) в кариотипах, несущих сложную гетерозиготную инверсию по хромосоме 4 (4+/vg2h2i2), появляется большой дополнительный сегмент гетерохроматина, и один гомолог хромосомы 4 превращается из акроцентрика в метацентрик. Подобный феномен отмечен также у D. formella и D. recticila. Для этих случаев имеются два общих условия появления дополнительного блока гетерохроматина: 1) одна из точек разрывов инверсии обязательно должна находиться в прицентромерном (конститутивном) гетерохроматине; 2) инверсия (простая или сложная) должна быть достаточно велика – около 50% длины плеча.

Появление больших блоков гетерохроматина в отдельных хромосомах не было связано с его редукцией в других хромосомах набора; очевидно, речь идет не о перераспределении гетерохроматина в кариотипе, а о его возникновении de novo. Предполагается, что аккумуляция гетерохроматина может происходить благодаря сальтационной дупликации гетерохроматиновой ДНК.