Рекомбинация – это процесс, который обеспечивает формирование новых сочетаний аллелей генов в ряду поколений, образование новых порядков генов в результате инверсий, дупликаций и делеций генов при неравном кроссинговере и целом ряде других генетических событий, связанных с процессом разрыва/воссоединения ДНК/хромосом. При формировании половых клеток аллели, полученные от родителей, «перетасовываются», и в каждую гамету попадает только половина родительских аллелей. При оплодотворении аллели двух родителей случайно комбинируются в зиготе. Сочетание этих двух случайных процессов – «перетасовки» аллелей в генеративных клетках и встречи гамет – обеспечивает фенотипическое разнообразие, те отличия между организмами, которые играют решающую роль в их борьбе за существование.

Рекомбинация, видимо, возникла одновременно или вскоре после появления жизни. Однако на первых порах она была спорадической. Такой она и остается в мире прокариот. Бактерии иногда входят в контакт друг с другом и обмениваются генетической информацией. Чаще всего это происходит при ухудшении условий существования. Регулярная, запланированная и обязательная рекомбинация появилась гораздо позже, одновременно или вскоре после возникновения эукариотических клеток. В пользу этого предположения свидетельствует тот факт, что у подавляющего большинства современных эукариот рекомбинация происходит регулярно, а ее молекулярные и клеточные механизмы у самых разных организмов поразительно сходны. Сходство мы обнаруживаем и в том, что у всех них рекомбинация так или иначе связана с размножением. У эукариот в отличие от бактерий результаты рекомбинации проявляются не у самих организмов, а у их потомков.

Очевидно, что эффективность бесполого размножения значительно выше, почему же тогда эукариоты, как правило, размножаются половым путем? Именно потому, что при половом размножении возможна рекомбинация. Но если организмы, размножающиеся половым путем, значительно проигрывают бесполым в эффективности размножения, то рекомбинация должна давать им преимущества, покрывающие этот гигантский проигрыш.