В терминах классической генетики не учитываются новые элементы генома эукариот, выявленные в последние 30–40 лет. В этом плане важное методологическое значение для эволюционной биологии имеет концепция М. Голубовского (1985) о взаимодействии среды, факультативного (ФК) и облигатного (ОК) компонентов генома.

Облигатный компонент (ОК) включает в себя структурные гены, локализированные в хромосомах и органеллах цитоплазмы (прежде всего в митохондриях).

Факультативный компонент (ФК) включает в себя последовательности ДНК и РНК, количество и топография которых могут свободно варьировать в разных клетках и у разных организмов.

Сюда входят:

1. фракции повторенной ДНК (высокие повторы 105–107 раз, умеренные повторы 10–105 раз);
2. мобильные гены;
3. плазмиды;
4. псевдогены;
5. встроенные вирусы;
6. амплифицированные сегменты;
7. кольцевые ДНК и РНК;
8. В-хромосомы;
9. ДНК и РНК-цитобионты.