КЭПирование обеспечивает модификацию 5’-конца нуклеотидной цепочки. КЭПирование хронологически является первым этапом дозревания, поскольку осуществляется ещё до окончания синтеза всей цепи РНК. Это обусловлено тем, что ферменты, обуславливающие КЭПирование, работают в комплексе с РНК-полимеразой-II и приступают к своей функции уже после синтеза первых 20 нуклеотидов.

Суть модификации заключается в дополнительном присоединении одного модифицированного нуклеотида, которым является метилированный в седьмом положении гуанозид-трифосфат (7-метил-ГТФ). Присоединение происходит с использованием 5’ атома углерода концевого нуклеотида и 5’ атома углерода 7-метил-ГТФ, т. е. по необычной схеме вида 5’-5’ (рис. 16). Такая связь является ключевым моментом, поскольку обеспечивает выполнение ряда функций КЭПа. Сюда относится, во-первых, защита от действия экзонуклеаз, поскольку не существует фермента, способного разрушить связь 5’-5’. Во-вторых, КЭП необходим для правильной установки на рибосоме. Без этой структуры невозможна инициация трансляции, поэтому КЭПированию подвергаются все без исключения мРНК эукариот. И, наконец, в-третьих, в ряде случаев КЭП инициирует сплайсинг интрона, прилегающего к 5’-концу.

Рис. 16. Структура КЭПа