У эукариот основная масса ДНК находится в ядре в виде хромосом. Кроме этого, ДНК обнаружена в таких органеллах как митохондрии, пластиды, клеточный центр.

Ядро эукариотической клетки содержит несколько, иногда довольно много гигантских молекул ДНК (в зависимости от принадлежности к определенному виду организма). Суммарная длина всех молекул ДНК во много раз превосходит размер ядра. Например, у человека любая соматическая клетка содержит 46 хромосом – 46 молекул ДНК, самая маленькая из которых имеет длину 33 мм. Общая длина всех молекул ДНК ~2 м 30 см, а диаметр ядра ~5 мкм (5x103 мм). Для того чтобы все молекулы ДНК могли бы разместиться в ядре, не запутаться, как нитки, размотанные с катушки и не разорваться, в процессе эволюции, очевидно, и возникли специальные белки, которые скручивают ДНК в компактные структуры – хромосомы. Каждая хромосома представлена одной молекулой ДНК. Из хромосом человека самая большая – первая; ее ДНК имеет общую длину до 7 см. Суммарная длина молекул ДНК всех хромосом одной клетки человека составляет 170 см. Каждая хромосома уникальна морфологически и генетически, она не может быть заменена другой и не может быть восстановлена при потере. При потере хромосомы клетка, как правило, погибает. Каждый вид имеет определенное, постоянное число хромосом (у ядерных организмов от 2 до несколько сотен).