Путь централизации страны через репрессии опричнины, по которому пошел Иван Грозный, был разорителен и губителен для России.
После опричнины в стране разразился тяжелейший экономический кризис – деревни и села Центральной и Северо-Западной Руси (Новгородские земли) запустели. Необработанными оказались до 90 % земли. В несколько раз сократилось число населенных пунктов – сел и деревень. В городах опричнина привела к упадку внешней и внутренней торговли. На развитии хозяйства негативно сказались и массовые перемещения людей из опричнины в земщину. К тому же в 1570–1571 гг. в дополнение ко всем бедам на Россию обрушилась чума.
Массовые репрессии нанесли удар по правящей элите – из 43 членов Боярской думы 19 казнено, 3 пострижено в монахи. Также обостряются отношения внутри господствующего строя – внутри дворянства, между аристократией и дворянством.
Выселение 9 тысяч дворян для размещения 6 тысяч опричников привело к кризису поместной системы, а, следовательно, к нарушению системы комплектования поместного войска.
Опричнина привела к установлению деспотического режима и повлияла на морально-нравственную атмосферу в обществе. Оказалась подорвана самостоятельность Русской православной церкви. Завершилось превращение дворян в холопов самодержавия. Цепная реакция рабской психологии привела к тому, что крестьяне оказались еще более закрепощены и принижены, чем их господа. Тем самым были подготовлены условия для закрепощения крестьян.
Парадокс опричнины состоял в том, что объективно направленная на централизацию власти, она воссоздавала элементы разобщенности и децентрализации.