Относится к семейству кремнезема.
Сингония.
Аморфный.
Облик кристаллов.
Халцедон не образует кристаллов. Микроскопические исследования показали, что халцедон имеет тонковолокнистое, сфероидальное строение. Волокна ориентированы обычно удлинением перпендикулярно слоистости.
Агрегаты.
Обладает скрытоволокнистым строением, часто наблюдается в виде корок, почковидных форм или сферолитов, но чаще в виде желваков, носящих название кремней.
Выделяют разновидности по агрегатному состоянию:

• Агат – имеет концентрически-зональное строение, обусловленное чередованием различно окрашенных слоев халцедона, иногда кварца. Центральные части жеод нередко сложены кристаллически-зернистым кварцем, иногда в виде щеток кристаллов.
• Моховой агат  – молочно-белый халцедон с дендритными выделениями окислов Mn, реже Fe.
• Арабский оникс – черные с белым концентрически-зональный или плоскопараллельные слои халцедона.

Цвет.
Окрашен в самые различные цвета и оттенки: молочно-серый, синевато-черный , желтый, красный, красно-коричневый, оранжевый, зеленый.
Выделяют расновидности в зависимости от цвета и сочетания оттенков:

• Сердолик – красный халцедон, окрашенный примесями оксидов и гидроксидов Fe;
• Сапфирин – голубовато-синий халцедон;
• Маторолит – изумрудно-зеленый прозрачный халцедон, окрашенный Cr₂O₃;
• Хризопраз – яблочно-зеленый халцедон, окрашенный примесями NiO;
• Плазма – яблочно-зеленый до темно-зеленого халцедон, содержащий обильные включения хлоритов, микроволокна амфиболов;
• Кровавик (гелиотроп) – плазма с ярко-красными пятнами оксидов Fe.

Цвет черты.
Черта бесцветная.
Блеск.
Ввосковой до матового.
Твердость.
7.
Спайность.
Спайность отсутствует.
Излом.
Раковистый.
Уд. вес.
2,5-2,8.
Диагностические признаки.
Халцедон от похожих на него минералов (опала, смитсонита – Zn[CO₃], скрытокристаллического флюорита и др.) отличается главным образом по твердости. Легко отличим также по оптическим свойствам.
Происхождение.

1. Осадочный генезис. Наиболее широко халцедон распространен в виде кремней в известняках.
2. Гидротермальное происхождение.